Die Einrichtung eines Institutes für Medizinische Immunologie an der Martin-Luther-Universität erfolgte seit den späten siebziger Jahren des vorigen Jahrhunderts in mehreren Etappen. Nachdem einer Empfehlung der WHO folgend in der DDR seit 1977 die Immunologie als obligatorisches Lehrfach in das Medizinstudium aufgenommen worden war, hielt man auch in Halle seit 1978 im ersten klinischen Semester eine zweistündige Vorlesung "Medizinische Immunologie" ab. 1980 bildete die Medizinische Fakultät als ersten weiteren Schritt in Richtung einer Institutsgründung eine "Arbeitsgemeinschaft Immunologie" mit dem Ziel, immunologisch Interessierte zum gegenseitigen Erfahrungsaustausch und zur Weiterbildung zusammen zu bringen; die Leitung wurde dem habilitierten Biochemiker Prof. Dr. med. habil. Jürgen Langner Langner übertragen. 1981 wurde am Physiologisch-Chemischen Institut die Abteilung "Medizinische Immunologie" (Leitung Prof. Dr. J. Langner) eingerichtet, 1985 erhielt die kleine Arbeitsgruppe eigene Laborräume im Keller des Hauses Straße der Opfer des Faschismus 6 (Ecke Franzosenweg).

Im Zuge der Neustrukturierung der Hochschulen des Landes Sachsen-Anhalt erfolgte dann 1991 die Etablierung als "Institut für Medizinische Immunologie" an der Medizinischen Fakultät, als kommissarischer Direktor wurde Prof. Dr. J. Langner eingesetzt und 1994 zum Hochschulprofessor (C4) berufen.

Zunehmende Mitgliederzahlen am Institut durch Drittmitteleinwerbungen und die Erweiterung des Diagnostikspektrums machten eine räumliche Verbesserung dringend erforderlich. Im Zuge der Rekonstruktionsmaßnahmen des Gebäudes der ehemaligen II. Medizinischen Universitätsklinik wurde dem Rechnung getragen: am 1. April 2000 konnten die neu hergerichteten Räulichkeiten in den drei Etagen des Seitenflügels bezogen werden, in denen sich das Institut seitdem befindet.

Mitte 2004 wurde das Institut von Prof. med. habil. Dr. rer. nat. Barbara Seliger übernommen.

Das Institut ist sowohl in die medizinische Diagnose, (Laboratory of HLA-Typing GHATT of Eurotransplant, kommisarischer Leiter: Dr. med. Wolfgang Altermann; Durchflusszytometrielabor, Leiterin: PD Dr. med. Dagmar Riemann); als auch in die Lehre der Immunologie für Mediziner, Biologen und Biochemiker und in die Forschung einbezogen. Diese Themen werden auf dieser Homepage vorgestellt.